当发票开超时，可以采取以下几种方法处理：
取消发票
如果超额金额较小，可以向购方企业提出取消超额部分的发票，并重新开具正确的发票。
补开负数发票
如果已经将超额发票交付给了购方企业，可以向购方企业补开负数发票，抵消超额部分的开票金额。
向税务部门申报调整
如果超额发票金额较大，需要向当地税务部门申报调整。企业需要在开具超额发票后及时向当地税务部门申报，提供相应的申报材料和说明情况的说明，以避免税务部门对企业的处罚。
纠正账目
企业应当及时将超额发票纠正到财务账目中，以避免财务报表的错误和影响税务申报等工作。
申请发票监控信息变更
如果开票总是超过限额，可以到税务申请发票监控信息变更，把限额变大一些。
多开补正函或申请书
如果发票开多了，可以通过双方协商、多开补正函或者申请书等方式，补正发票金额，以确保发票款项不影响双方经营活动。具体方法包括签订《电子发票多开补正协议书》、出具多开补正函、向税务机关或涉税机构提出异议等。
使用补偿性价款
发票超出开票金额时，可以使用补偿性价款来解决，由发票方退款或给付额外的补偿价款。但要注意税收风险因素，应及时发现超出金额的情况，根据不同情况采取措施减少税收调整带来的不利影响。
申请临时超量领购增值税专用发票
对于开票金额超过现有增值税专用发票最高开票限额的销售业务，销售方可以开具多份增值税专用发票，如果当月领购的发票数量不够，可以向主管税务机关提交《一般纳税人申请临时超量领购增值税专用发票申请表》，主管税务机关核实情况后，对增值税专用发票的月供应量给予临时调增。
变更经营范围
如果经常发生超出经营范围的业务，建议先变更经营范围，再开具发票。确保业务真实、合法，并且有相应的合同、交易凭证等支持性文件。
作废并重新开具发票
如果发票的存根还没有拿到税务局上缴，把收到的发票联粘在存根联上作废（当然记账联也要拿来粘在一起），然后重新开一张正确的，在做账时记得冲销上个月份的运输收入和提取的税金。如果存根联已经上交税务局了，那就需要先开一张红字发票冲销，再开新的发票。
根据具体情况选择合适的处理方法，确保合规操作，避免因发票开超而产生不必要的麻烦。