南京公积金的补缴流程如下：
单位少缴职工住房公积金
单位需要办理住房公积金补缴手续，并提供加盖单位公章的缴费明细。
单位应根据历年的缴存比例和职工个人月平均工资计算应补缴的住房公积金。
补缴方式
住房公积金补缴分为按月补缴和绝对额补缴。如果系统提示某职工有欠缴信息，应当办理按月补缴；如果没有欠缴信息，可以办理绝对额补缴。按月补缴和绝对额补缴应当分别办理。
办理材料
单位需填写《南京住房公积金汇（补）缴申请单》和《南京住房公积金个人汇（补）缴清册》，并加盖单位公章。
若单位无法提供职工工资情况证明材料，则按照本市统计部门公布的上一年度职工月平均工资确定职工工资。
网上办理
已开通住房公积金网上办理业务的单位，可通过网上办事大厅，根据系统提示进行缴存基数调整。
柜面办理
各单位到本单位开户的银行网点领取相关表格，并调整职工的缴存基数，填写相关明细表并修改银行数据，将调整结果告知职工。
各单位需核对《单位分户信息》和《个人住房公积金缴存基数调整明细表》中的信息，确保准确无误后送交银行网点审核。
办理时限
手续齐全情况下，即时办结。
建议：
单位应尽快办理公积金补缴手续，确保职工权益不受影响。
若单位不熟悉网上办理流程，可以选择到银行网点办理，以便更快速地完成补缴。