国企员工的工资超过 5000元的部分需要缴纳个人所得税。个人所得税的起征点是每月5000元，这意味着，如果国企员工的工资薪金所得在扣除“五险一金”（养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险和住房公积金）以及任何专项扣除数后，超过5000元，那么超出部分需要缴纳个人所得税。
具体的税率如下：
工资范围在5000-8000元之间的，税率为3%；
工资范围在8000-17000元之间的，税率为10%；
工资范围在17000-30000元之间的，税率为20%；
工资范围在30000-40000元之间的，税率为25%；
工资范围在40000-60000元之间的，税率为30%；
工资范围在60000-85000元之间的，税率为35%；
工资超过85000元的部分，税率为45%。
计算公式为：
应纳税额 = （工资薪金所得 - “五险一金” - 专项扣除数 - 起征点） × 适用税率 - 速算扣除数。
因此，国企员工的工资在扣除“五险一金”及其他法定扣除项目后，超过5000元的部分需要按照上述税率缴纳个人所得税。