清包工的税务处理方式如下：
简易计税方法
一般纳税人可以选择使用简易计税方法，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额为销售额。
适用征收率为3%，可以开具增值税专用发票。
受票方（即购买方）可以进行认证抵扣。
一般计税方法
如果建筑业企业所属项目适用一般计税方法，取得的劳务分包专票可以抵扣进项税额。
抵扣进项税额
总承包方在签订清包工合同时，人工费可以抵扣3%。
发包方购买的材料可以取得增值税专用发票，作为进项税额从销项税额中抵扣。
注意事项
选择简易计税方法的一般纳税人不能抵扣进项税额。
总承包方在计算应预缴税款时，可以自收款中扣除支付的劳务分包款。
请根据您的具体情况选择合适的税务处理方式。