在日本，工作纠纷通常由以下部门或机构处理：
1. 劳动协同组合（日本工会）：各行各业都有自己的组合，负责处理劳务人员出现的纠纷。
2. 人力资源和社会保障局：如果涉及拖欠工资、不发工资或克扣工资等问题，可以拨打12333电话投诉。
3. 劳动局监察大队：负责劳动监察，可以责令用人单位支付工资，并在协调不成时，劳动者可以申请劳动仲裁。
4. 劳务公司：如果是通过劳务公司派遣到日本工作的，应首先联系劳务公司寻求帮助。
5. 区役所或市役所：提供行政服务窗口或民生委员会，帮助调查和解决争议。
6. 经济纠纷调解机构：如果纠纷涉及经济方面，可以申请和解仲裁。
在处理工作纠纷时，建议首先联系推荐单位或组合管理机构，查看是否签署了相关协议，并根据协议内容采取相应措施。如果问题复杂或无法通过协商解决，可以考虑通过上述部门寻求帮助。