营运车辆的管理部门主要是 交通运输管理部门，具体包括：
运管处：
运管处是交通运输局下属的全额财政补助的、参照公务员法管理的事业单位，负责运输管理工作。
车辆管理所：
车辆管理所负责办理车辆营运证、审营运证等手续，确保车辆符合营运安全标准、驾驶员资质合法及车辆运营合规性。
交通管理部门：
交通管理部门负责审核与管理营运车辆相关证件，处理与营运车辆相关的证件审核与管理工作。
道路运输管理机构：
依据《中华人民共和国道路运输条例》，道路运输管理机构负责具体管理道路运输经营许可、监督检查等事务。
交通运输管理所：
根据《机动车登记规定》，车辆管理所办理机动车登记业务，包括对营运车辆的登记和管理。
交警部门和车辆管理所：
联合开展规范治理非法营运车辆行动，打击非法营运行为。
综上所述，营运车辆的管理涉及多个部门，主要包括交通运输管理部门、车辆管理所、交通管理部门和道路运输管理机构。具体办理和审核营运证的部门为当地的车管所或交警部门。