当您的驾驶证在一个记分周期内因超速被扣两次12分时，您需要按照以下步骤处理：
暂扣驾驶证
驾驶证在一个记分周期内两次扣满12分，会被暂扣驾驶证。
参加学习
机动车驾驶人应当在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
参加考试
学习结束后，车辆管理所会在二十日内安排道路交通安全法律、法规和相关知识考试。您需要通过这次考试。
如果在一个记分周期内有两次以上达到12分或者累积记分达到24分以上，除了科目一考试外，还应当在道路交通安全法律、法规和相关知识考试合格后十日内进行道路驾驶技能考试。
缴纳罚款
在参加学习和考试之前，您需要缴纳相应的罚款。
领回驾驶证
学习和考试都合格后，记分将被清除，您可以领回驾驶证。
降级处理
如果您持有的是B2及以上驾驶证，扣12分后还应在三十天内到车管所办理驾驶证降级业务。
建议您尽早处理，以免影响正常驾驶和驾驶证的正常使用。